Pokémon Amarillo está basado en la historia del anime de Pokémon. Como Ash Ketchum tienes que empezar con un Pikachu, y para los que no les guste la idea de no poder elegir otro Pokémon inicial, al igual que en la serie se consiguen los 3, por lo que de una forma u otra acabarás con todos ellos.

Por ejemplo puedes obtener a Squirtle en Ciudad Carmín, te lo da la agente Mara si tienes la medalla trueno o Charmander que lo consigues en la ruta 24 (te lo dan) y a Bulbasaur cuando tengas a Pikachu al nivel 19 ve a la casa que esta al lado del centro Pokémon de Ciudad Celeste.

Pokémon Amarillo llega para desarrollar mejor la trama de Pokémon, bastante reciente para ese entonces. Con la finalidad de lucir mejor los aspectos del juego, los gráficos de los 150 Pokémon disponibles para capturar han mejorado notablemente respecto a las dos versiones anteriores.

El juego plantea la misma trama que Pokémon Azul y Rojo, aunque con algunos cambios que realmente producirían la salida de la nueva versión.

Si bien en versiones anteriores podíamos elegir entre Bulbasaur, Charmander o Squirtle como Pokémon iniciales, ahora estamos obligados a usar a Pikachu (tal como la serie de T.V. oficial lo dispone),este es el que nos ataco en la ruta 1. Este Pokémon, bastante pobre en condiciones de batallar, se niega a evolucionar con la piedra trueno, y, al igual que en la serie también, no quiere estar dentro de su Pokéball correspondiente cuando no lo utilizamos... o sea que por donde caminemos, este simpático ratón amarillo nos perseguirá a no ser que sea debilitado por un Pokémon.

Otros cambios importantes en esta versión datan de la aparición del Equipo Rocket con el equipo oficial de la serie de T.V. (compuesto por el trío Jessie, James y Meowth). Se encargarán de molestarnos en algunos puntos del desarrollo del juego, aunque nunca significarán un problema grave para poder continuar normalmente nuestra aventura.

Los gráficos: Las nuevas imágenes de los Pokémon son mucho mejores. El resto de la parte gráfica es igual a la de versiones anteriores (aunque es un avance).

El sonido: El sonido se plantea como un punto en contra, es bastante molesto, aunque lo salva el apartado de música, el único sonido de los Pokémon del anime es el de Pikachu.

Los controles: Exactamente iguales que los de las versiones anteriores. En algunos casos siguen habiendo problemas para facilitar un poco las cosas.

En este juego también están las Aves legendarias pero, al igual que los otros juegos, hay algunos Pokémon que no aparecen y que se tienen que intercambiar de otras ediciones. Tampoco se puede conseguir a otro Pikachu ni a Raichu, ya que nuestro Pikachu se niega a evolucionar.

La Mazmorra rara será diferente, aunque al final también se encuentra a Mewtwo.

Se incluye un minijuego de Pikachu haciendo surf si has conseguido que Pikachu aprenda este movimiento en Pokémon Stadium y hablas con el señor que hay en la casa de la playa de la Ruta 19.

Una cosa curiosa es que en el centro Pokémon hay un Jigglypuff. Al hablar con él, se pondrá a cantar la melodía de la serie y Pikachu se quedará dormido, en clara referencia a los episodios del anime donde el canto de Jigglypuff duerme a los protagonistas. Podrás caminar por el Centro Pokémon sin que Pikachu te siga. Pero si sales del Centro Pokémon Pikachu regresará contigo.