Los Pokémon oscuros aparecen en Pokémon XD: Tempestad oscura igual que lo hacían en Pokémon Colosseum. Tu objetivo será capturarlos y purificarlos para que vuelvan a su estado normal. En esta edición también aparecen Pokémon en estado salvaje (no hay necesidad de purificarlos), aunque sólo en tres zonas determinadas, los Pokéespacios (En inglés poké spots).

La mayoría de los Pokémon que podrás capturar sólo podrás hacerlo arrebatándoselos a sus entrenadores con el Pokécepo. Lo llevarás en tu muñeca y transformará las Pokéball que lanzas en Cepoball, especialmente diseñadas para poder arrebatar los Pokémon oscuros a sus entrenadores. Los Pokémon oscuros no suben de nivel y no evolucionan. Tienen un nivel de oscuridad (representado por una barra de energía de color morado) que irá bajando a medida que vayan apareciendo en combates o les des masajes a través de la Caja de masajes. Con el nivel más alto sólo tendrán un ataque (Ataque oscuro), según vaya bajando irá aprendiendo nuevos ataques. No podrás entrar en los coliseos con ellos, ni pasarlos a los cartuchos de GBA. Así que ya sabes, tienes que purificarlos. ¿Cómo? Fácil.

En Pokémon XD: Tempestad oscura tienes dos métodos de purificación. El método tradicional que ya conoces de Pokémon Colosseum y la Sala de Purificación. Para purificarlos por el primer método, debes lograr que su barra de oscuridad baje hasta estar completamente blanca. Para lograrlo debes llevarlos en tu equipo, sacarlos a luchar y limpiarlos con productos que podrás comprar en Villa Ágata. También bajará si les dejas en la guardería Pokémon para que les cuiden un tiempo. Una vez logrado debes llevarlos al Pilar Legendario en la Villa Ágata para liberar su corazón del mal que les posee.

El segundo método es usar la Sala de Purificación que hay en el laboratorio Pokémon. Para ello tendrás que rodear a tu Pokémon oscuro con cuatro Pokémon purificados. Dependiendo de los Pokémon que escojas el tiempo que tardará en bajar el nivel de oscuridad será mayor o menor. Prueba varias combinaciones y verás cómo consigues aumentar el nivel. Puedes tener hasta nueve Pokémon oscuros en proceso de purificación al mismo tiempo. Una vez purificados aumentarán de nivel (depende de la experiencia que hayan acumulado anteriormente en todos los combates que hayan librado) y recuperarán sus ataques originales. Ahora podrán evolucionar sin problemas.