Te hallas en la región de Hoenn, un pequeño archipiélago localizado al sureste de las regiones Kanto y Johto. Se caracteriza por la introducción de batallas dobles, concursos Pokémon, el complejo del Frente Batalla y dos nuevos equipos antagonistas, el Equipo Magma y el Equipo Aqua que desean capturar a Groudon y Kyogre respectivamente para cumplir sus planes.

Esta Región se divide en varias islas, algunas de estas solo disponibles con tickets (eventos especiales organizados por Nintendo: Isla Origen, Isla Suprema, Roca Ombligo e Isla del Sur) donde se encontraran Pokémon legendarios (Deoxys, Mew, Ho-oh, Lugia, Latios o Latias ), las rutas se numeran de la 101 a 134 y entre ciudades y pueblos, Villa Raíz donde esta el el laboratorio del Profesor Abedul y comienzas tu viaje, Arrecípolis, donde se encuentra la Cueva Ancestral, y en Ciudad Algaria esta el centro espacial, por mencionar unos cuantos.

El origen de la región data de la antigua leyenda Pokémon, el Pokémon continente Groudon hizo crecer la tierra durante la batalla con el Pokémon océano Kyogre quien extendió los mares, para resolver el conflicto de los cielos apareció Rayquaza terminando con la batalla. Cada uno regresó a dormir, desde ese momento no se sabe nada de ellos, creyendo que solo desaparecieron. Los tres se pueden obtener en el juego.



Tu viaje como protagonista comienza justo después de que tus padres y tú os mudarais a la región Hoenn. Después de instalarte en tu cuarto tendrás que conocer a tu vecino/a (Aura o Bruno dependiendo del sexo de tu protagonista) y futuro/a rival hijo/a de Profesor Abedul atacado por un Zigzagoon a las afueras del pueblo. Ahí podrás escoger entre Treecko, Torchic o Mudkip cualquiera de ellos se convertirá en tu Pokémon inicial y aprenderás a luchar. Después de completar una pequeña tarea, en el laboratorio el profesor te entregara tu Pokédex y 5 Pokéball. Ahora, junto con tu Pokémon, estás listo para iniciar una aventura donde encontrarás amigos, aliados, enemigos y cientos de Pokémon que te permitirán convertirte en un maestro Pokémon